A Fundação Muraki foi criada em 13 de julho de 1999 como uma instituição de direito privado sem fins lucrativos, com o objetivo de servir no apoio institucional do Instituto de Tecnologia da Amazônia (UTAM), tendo o seu registro na Provedoria das Fundações do Ministério Público do Estado do Amazonas.

Após a extinção da UTAM, passou a apoiar a Universidade do Estado do Amazonas (UEA), na gestão e apoio administrativo nos projetos de P&D.

Em sua fundação em 1999, foi composta pelo primeiro conselho criado em 2007, onde seu primeiro diretor foi Fernando dos Santos Moreira Junior e em 2001, Paulo Adroaldo Ramos Alcantara assumiu a direção da Fundação Muraki.

Com o seu falecimento em 2020, Fernando Moreira retornou à direção da instituição, dando andamento nas atividades realizadas pela Muraki através do Programa Prioritário de Formação de Recursos Humanos e com novas propostas de gestão e parceiros.

Durante os 21 anos, a Muraki apoiou e participou da gestão de projetos nas áreas:

Ambiental: como APA Nhamundá em parceria com a SEMA;

Social: com cursos para a terceira idade em parceria com a Unati;

Tecnológica: com o Samsung Ocean Center, em parceria com a UEA e Samsung;

Assim como projetos internacionais em parceria com a Coiab, Ford Fundation e Siemenpu para o fortalecimento das causas indígenas.