A Fundação Muraki foi criada em 13 de julho de 1999 como uma instituição de direito privado sem fins lucrativos, com o objetivo de servir no apoio institucional do Instituto de Tecnologia da Amazônia (UTAM), tendo o seu registro na Provedoria das Fundações do Ministério Público do Estado do Amazonas.

Após a extinção da UTAM, em 2001 passou a apoiar a Universidade do Estado do Amazonas (UEA), na gestão e apoio administrativo nos projetos de pesquisa, extensão, cursos e P&D.

Desde sua fundação até 13 de julho de 2003, o primeiro diretor foi Fernando dos Santos Moreira Junior.

A partir de 14 de julho de 2003, Paulo Adroaldo Ramos Alcantara assumiu a direção da Fundação Muraki, onde veio a falecer em outubro de 2020.

Fernando Moreira retornou à direção da instituição, dando andamento nas atividades realizadas pela Muraki através do Programa Prioritário de Formação de Recursos Humanos, com projetos sociais, internacionais e com novas propostas de gestão e parceiros.

Em 2021, iniciou o projeto Ação Solidária que realiza a doação de cestas básicas a abrigos e entregas de refeições nos hospitais e pessoas necessitadas.

Durante os 22 anos, a Muraki apoia e participa da gestão de projetos de ensino, pesquisa, desenvolvimento e inovação tecnológica no âmbito regional, nacional e internacional, bem como projetos sociais e filantrópicos.