A Fundação Muraki oferece apoio gerencial a projetos públicos e privados desenvolvidos pelas unidades de ensino, pesquisa e extensão da Universidade do Estado  do Amazonas, e por entidades externas.

Projetos públicos: são aqueles cujos recursos financeiros provêm dos cofres públicos, aí incluídos os oriundos da própria UEA, da FINEP, da CAPES, do CNPq, etc. Os projetos públicos devem obedecer à Lei n° 8.666/93 (Lei das Licitações), nos quais há prazos para a aplicação e uso dos recursos e para a prestação de contas aos órgãos financiadores.

Projetos privados: são aqueles cujos recursos financeiros provêm de pessoas jurídicas privadas e de pessoas físicas, com o depósito sendo efetuado diretamente na conta corrente da Fundação Muraki. Estes recursos não estão condicionados ao disposto da Lei das Licitações, não exigindo, portanto, o controle por rubricas e prestação de contas para órgãos financiadores. Os prazos de execução e as despesas dos projetos privados ficam a critério do Coordenador.